首先，我们可以从构造上来了解两者的差别。

管风琴构造极其复杂，没有固定的规格。一般由键盘系统和音管系统两大部分组成。世界上特别大的管风琴高达十几米，有三万多根音管，七层键盘，演奏时发出宏大壮阔的音响。而双排键电子琴则通常有立式的琴体，两排或三排手键盘，一排脚键盘，和一个或两个脚踏板。

其次，我们可以从演奏方式上来了解两者的差别。

早期演奏管风琴通常需要两个人搭档，一个人演奏，另外一个人鼓风。后来管风琴的规模越来越大，依靠人力鼓风已经开始力不从心了，就发展出了更复杂的键盘机械结构。但其键盘上的演奏方法和其他键盘乐器差不多，而操控一台双排键电子琴需要人体多部位配合，通常右手弹奏主旋律，左手弹奏副旋律或和弦，右脚控制音量踏板或延音踏板，左脚控制脚键盘发伴奏低音，双脚膝盖还可以控制切换音色效果等。演奏一曲需要全身运动，讲究的是身体各部位的统一协调。

再次，我们可以从发声原理上来了解两者的差别。

当手指敲击管风琴琴键时，琴键就会带动起用橡木做成的连动杆，它连接着一根形状像管子一样的连动杆，管子连接着活塞。所以，按下琴键之后，活塞就会打开，把气流送到琴管的管嘴。这里有两个形状相同的气囊，从这两个气囊产生的气流很快就会进入木管，我们把它叫做送风管，气流一直通到风箱。送风管把气流送进风箱之后，演奏者按下琴键的时候，一个小活塞就会打开，这个时候，空气就会通到管嘴，然后，气流就会进入琴管奏出音乐。而双排键电子琴的演奏则要靠演出的前期制作和现场的“全身运动”两阶段组成。